В начале 2016 года со стороны ФТС были сомнения в необходимости существования ЦЭДов, но со сменой власти отношение к этому вопросу изменилось. Давыдов Руслан, первый заместитель руководителя ФТС заявил, что это будут обособленные офисы без причастности участников ВЭД. В ближайшем будущем все контрольно-надзорные меры будут производиться на таможенных постах назначения, аналогично с уже работающей системой контроля действующих ЦЭДов. Это в ряде случаев может приводить к увеличению сроков, а также к расхождению между методами, принятыми в ЦЭДах и действиями на конкретных таможенных постах.
