В общем случае, в рамках договора перевозки, счета выставляются либо общей суммой за услугу, либо согласованной тарифной ставкой и порядком (формулой) расчета платы. Например, плата за услугу перевозки партии груза авиационным транспортом складывается из тарифа за кг + терминальный сбор + хранение груза + авианакладная + возможные надбавки за габарит, вес, опасность и т.п.
Время пользования транспортным средством является признаком договора фрахта. Поэтому если вы при оказании услуги перевозки груза применяли часовой тариф, в бухгалтерских документах предпочтительнее указывать общую сумму без подробностей расчета.